石井四郎 (1892-1959年)出生于日本千叶县山武郡千代田村(现称芝山町)的一个封建氏族家庭。1920年12月从日本京都帝国大学医学系毕业后参加了陆军，于1924年4月进入日本京都帝国大学研究生院，专攻细菌学和防疫学。1926年4月他完成了防疫学的学位论文，成为医学博士。1930-1931年，他受陆军省的派遣，去欧美各地进行"视察旅行"，回国后被调往陆军第一医院工作，晋升为三等军医主任，兼军医学校教官，从这时起，石井四郎开始他的细菌战研究及实施计划。
1932年秋，石井四郎受日本陆军参谋部的派遣来到哈尔滨，以建立关东军防疫部的公开身份，秘密组建日本远东细菌战部队。1933年初，在石井四郎的主持下，在哈尔滨市南岗区的宣化街和文庙街接壤地带密设石井四郎部队本部——细菌武器研究所"滤水器制造厂"。另在五常县背荫河镇建一座仲马城工厂(细菌实验场)。
部队组建后，背荫河细菌实验场多次发生越狱-和火药库0事件，并遭到抗日联军多次袭击。经日本陆军参谋部批准，石井另选新址，于1935年将部队迁至距哈尔滨市中心南20公里远的平房火车站西北。从1936年开始，花费了2年多的时间，在平房扩建成一座规模庞大的防疫给水部(细菌实验工厂)。1938年，给水部工厂正式投入使用，石井将宣化街本部和背荫河细菌实验场全部转移到平房，组成一支庞大的细菌实验部队，即“731"部队。
石井四郎在平房进行大规模细菌战的基地建设，得到日本陆军参谋部的全力支持，年度军费相当于关东军全部医疗卫生费的三分之一。石井四郎还打着参谋部的旗号在国内随意强行招收人员，将日本国内的一批医学专家网罗到石井部队。到1941年，石井部队的人数(包括4个支队)已达到2 270人。
石井四郎主持研制的细菌主要有鼠疫、霍乱、伤寒、赤痢、炭疽等传染病菌。细菌研制和试验手段也极其残忍，用作试验的健康活人被感染上疫菌后，都要进行活体解剖。在进行冻伤试验时，把活人反复冻伤、反复解冻，致使手脚骨节脱落，四肢肌肉坏死烂尽，直到折磨致死。还进行空气高压试验、高热试验、倒控试验等。石井四郎为得到足够的试验对象(被他们称为"木头"的活人)，秘密勾结哈尔滨、长春等地的宪兵队，疯狂逮捕大批的抗日军民和所谓嫌疑犯，通过哈尔滨吉林所的联络站，秘密地源源不断地运到平房做实验。至1945年日军投降时，石井部队用于各种细菌试验的中国、苏联、朝鲜、蒙古抗日人员达3 000多人。
1939年5月，石井四郎根据作战命令，组成"敢死队"，参与由日本关东军挑起的诺门罕事件，石井四郎亲临战场指挥，使用细菌武器。这次行动，石井部队虽然死亡十几名队员，但却得到了日本天皇的特别嘉奖。
诺门罕事件之后，石井部队扩编成近3 000人的特种部队，加紧对细菌武器的生产。到1941年已达到每月生产300公斤乳浆状浓稠鼠疫杆菌菌液、500公斤炭疽菌和1000公斤霍乱菌的生产能力，生产跳蚤已达到每月200公斤(每公斤约含300万只跳蚤)的能力。
1942年7月，石井四郎肆意挥霍军费等问题被揭露出来，陆军参谋部忍痛割爱，免去了石井四郎的部队长职务。此后，石井仍受重用，在"侵华日军浙赣行动”中，指挥了石井部队建立后的最大的一次细菌战，他经常足涉宁波、金华、衢县一带，不断使用细菌武器-中国人民。1945年3月，日本陆军参谋部妄图扭转不断恶化的战争形势，又把石井四郎升为中将，调回哈尔滨细菌部队重任部队长。他就职后，立即下达了"增产训令"，要求部队从5月开始，在2个月内增产鼠疫跳蚤1-2吨，妄图用细菌战作为最后决战的王牌。
8月9日，日本参谋部下达了取消"731"部队的命令，石井四郎接连几天，一边焚毁资料、文件，一边指挥炸毁所有重要设施以消灭罪证。8月15日下午8时，最后一批人员撤出平房地区，石井四郎在哈尔滨从建立"防疫给水部"开始，进行细菌实验研究，从事细菌战争，直到1945年溃败，历时14年。
石井四郎逃回日本后，以手中掌握的大量细菌试验资料为资本，被美国海军收买，从而逃脱了被做为战犯的审判。之后，他又随美军参与了侵朝战争，在朝鲜多次进行细菌战。战争结束后，石井四郎回国隐居。1959年10月患喉癌死于日本东京。
