南居益(?～1644年)，字思受，号二太，明代官吏。渭南(今陕西渭南市)人。他是南京吏部尚书南企仲的族子、礼部尚书南师仲堂兄弟的儿子。出身于官宦之家，少年时代注重学业及品德修养。
万历二十九年(1601)举进士，授刑部主事，后升广平知府，山西提学副使，按察使，左右布政使，都在山西任职。
天启二年(1622)，南居益入京任太仆卿，下一年升右副都御史，巡抚福建。当时荷兰海盗占据澎湖，进犯漳(今福建漳州)、泉(今福建泉州)。他们又与日本海盗及海贼李旦为伍扰乱。南居益派人招降李旦，荷兰海盗头目高文律恐惧，派使者前来讲和，南居益斩了来使，在镇海港筑城防守，海盗感到穷途无路，就乘船逃走。南居益又派人擒获盗首高文律，海患平息。
五年(1625)，南居益升为工部右侍郎，总督河道。当时，宦官魏忠贤专权，因怀恨南居益受熹宗封赏时没有提到自己，被魏阉剥夺了封赏。魏的党羽、给事中黄承吴又劾南居益倚傍门户而显贵，遭革职。为此，福建百姓到京师告御状，为南居益鸣不平，熹宗不听。他们就在当地为南居益立祠祭祀，并在澎湖及平远台立碑纪念。
崇祯元年(1628)，朝廷起用南居益为户部右侍郎，总督仓场。二年(1629)十月，后金兵分三路进攻，京师-。南居益在通州守城戒备有方。不久，代理工部尚书。兵部尚书梁廷栋劾郎中王守履失职，而下狱，南居益上疏为王守履辩白，崇祯皇帝批评他“徇私”而被革职回家。后来，评议南居益守城有功，恢复他的官职。
十六年(1643)，李自成占领渭南，嘱南居益交出银一百六十万两作军饷。当时其族伯父南企仲已八十三岁，被杀。起义军要南居益和南企仲之子南居业投降，两人都不屈服。下一年(1644)正月，李自成派兵将他俩抓走，加炮烙之刑，两人仍不屈服，-七天后而死。
