郑芝龙，小名一官，字飞黄，南安石井人，明万历三十二年(1604)出生。天启元年(1621)芝龙与弟兄芝虎、芝豹到广东时，芝龙母舅黄程，于澳门有商务，就把芝龙留下，芝龙在澳门接受天主教洗礼。
明天启三年，芝龙替母舅黄程运送货物到日本长崎，跟泉州人李旦和海澄人颜思齐等人相识,在那里与日本长崎平户的田川氏结婚、翌年生子郑森(即成功)。颜思齐看到日本德川幕府掌握政权，文恬武嬉，打算起来反对，就游说郑芝龙等26人。事情泄密，幕府要逮捕他们，于是驾船逃跑，航行8日夜，到台湾，遂筑寨住下，将当地老百姓组织起来，耕种打猎。不久芝龙的父亲去世，兄弟多人到台湾，漳、泉无业人员共有三千多人先后入台，后来颜思齐去世，众推芝龙为首领。
天启六年三月，芝龙进驻金门、厦门，竖旗招兵，饥民及无业人员争往投靠。芝龙走到那里，就摊派富民财饷，叫做“报水”，只是不准掳掠妇女、焚烧房屋。芝龙往来海上，官府奈何不得。是年秋天，福建巡抚朱钦相派巡海道蔡善继招抚芝龙，芝龙听命，带领兵众到泉州接受招抚。善继要他缴报战船、兵器，芝虎不高兴，兵众也高声反对，就护卫芝龙跑掉，并继续占据海岛，拦截商贾。时闽中饥荒，老百姓纷纷跑到芝龙那里去。冬天，金门游击卢毓英带兵剿芝龙，兵败，被芝龙所擒。芝龙告诉他说：“某非敢拒官军，不得已耳。苟得一爵相加，当为朝廷效死力，东南半壁可高枕矣！”
天启七年六月，都督俞咨皋带领舟师讨伐芝龙，大败而回。芝龙放还捕获的兵将。这时，芝龙势力强大，海上活动的兵船已上千只。
明崇祯元年(1628)六月，兵部招抚芝龙，九月，归降巡抚熊文灿，被授予游击将军。时福建大旱，芝龙建议移民台湾，于是，招集几万饥民，每人给银3两，3人给牛1头，用海船运送到台湾，让他们开垦田地。因土地肥沃，秋天收成比大陆多上一倍，人们足衣足食，向芝龙纳租。
崇祯三年至四年，芝龙奉文灿之命，削平海陆上的反叛势力李魁奇、杨禄、杨策、钟斌及钟凌秀等，因此，被提升为参将。
崇祯六年秋天，荷兰军侵入厦门，巡抚邹维琏派兵击败之，荷兰侵略军泛舟大洋，转掠青港等，芝龙出兵援助，-数日，荷兰军败退。八年四月，芝龙联合广东军队，在田尾远洋击败刘香老，收集他的兵众，势力就更加强大。十二年六月，荷兰军先后劫掠于浙、闽海上，明朝官军多次被打败，巡抚命芝龙抗击。荷军船只高大，官军的技术不能发挥作用，芝龙退到枫亭港口后，募集善于游泳的渔民50人，用竹筒装火药，焚烧荷兰船五只，荷军首领郎必即哩歌大惊，从此不敢进入福建境界，芝龙因此被提升为副总兵。此后，又因战功升总兵，实际权力大于督抚。当时海舶没有郑氏发给的令旗，不能往来，每只船纳税3000金，每年收入千万金。在安平镇(今晋江县安海镇)开辟府署,海船可以直通家中,门前可以停靠船员,直到海上,守城兵的军饷全部由芝龙付给。芝龙的船队戈甲坚利，护卫福建海域就像一道长城。
南明弘光元年，即清顺治二年(1645)五月，清军攻占南京，总兵官郑鸿逵、郑彩撤军回闽，恰好唐王南来，芝龙等将他接到福州，唐王跟张肯堂，黄道周、郑芝龙等，共同商议唐王监国，遂即位于福州，建元隆武，封芝龙为南安伯、平虏侯、晋平国公。其时清兵已进入浙、赣，逼近福建，芝龙以为拥立唐王不是他的本意，认为清朝神武，自己一定无法偏安一隅，有投清意向。翌年，清王朝招抚江南经略洪承畴和福建御史黄熙胤，写信劝芝龙降清，并会固山兵迫安平。贝勒王知道泉郡绅士郭必昌跟芝龙有交情，请他去招降，同时又命令固山把军队撤离安平30里，并写信给芝龙，劝其投清。芝龙接信后叫儿子成功前来商量招抚之事，郑成功哭泣规劝，为明王朝尽忠，芝龙不听，于是到福州送降表给贝勒王。贝勒王知道郑成功是个英雄，想等郑成功到来一同北行，等了好久成功不来。贝勒王忽然调动军队，挟持芝龙向北而去。到北京后，芝龙被授予精骑呢哈番，隶属汉军正黄旗。
后来清王朝见芝龙未能劝郑成功归顺清廷，并怀疑他们父子互相勾结。顺治十八年(1661)十月，杀芝龙于柴市，子孙世恩、世荫、世默等11人也同时被杀。
