杜根字伯坚，是颍川定陵（今河南省襄城县境内）人。父亲叫杜安，字伯夷，小的时候就有志向和节气。13岁的时候进入太学，号称为奇童。京师的王公贵戚仰慕他的名声，有的人给他写信，杜安不打开，都藏到了墙里。到了后来逮捕涉案的贵族们，杜安打开墙壁取出信，都完好如初，居然没有受到他们的牵连，当时的人都以他为贵。在巴郡做太守，政绩相当有名声。
杜根性格朴实，喜欢较真。永初元年的时候，被推举为孝廉，成为郎中。当时，和熹邓太后执政，权力集中在外戚。杜根认为安帝长大了，应该亲自处理政务了，就和同时郎一起上 书直接进言。太后很生气，逮捕了杜根等人，下令用白袋子装着，在大殿上活活打死。执法的人因为杜根的名气，私下告诉行刑人打的时候不要太用力，打完就用车把杜根接出城，杜根得以苏醒过来。太后命令人来检查，杜根就装作假死，装了三天，直到眼睛里生了蛆，太后以为他死了，这才得以逃跑，到宜城山里做了一个酒保。15年过去了，酒店的人了解了他的贤德，十分优待他。
等到邓氏一族被诛杀，皇帝身边的大臣都说起杜根等人的忠心。皇帝以为杜根已经死了，于是昭告天下，寻找他的子孙，录为官员。杜根刚回到老家，就被奉为公车，又拜为为侍御史。当时，平原郡的官员成翊世也因为劝说太后交还政权而被判罪，和杜根一起提升为尚书郎，同时任用。有人问杜根说：“你当时遭遇灾祸，天下人也都和您一样坚持道义，而且您的知己故交也不少，怎么至于活的那么艰辛啊？”杜根说：“在民间躲藏，也不是与世隔绝。万一身份暴露的话，会祸及到自己的至亲好友，所以不能这么做啊。”顺帝年间，被稍稍贬职，降为济阴太守。后来，辞官返回故里，享年78岁。
