何瑞征考中榜眼后,授翰林编修。历任国子监祭酒。崇祯十五年(1642)出任江南乡试主考官,所选拔的人中许多都是十分注重名节的举子,如黄淳耀等,皆出其门。
李自成攻入北京,何瑞征被列为首选,授弘文馆学士,教习庶吉士,与韩四维、周钟、魏学濂等领班劝进、朝贺最先。四月初日,李自成命何瑞征掌管弘文馆。何瑞征敛取裴希新等-的钱银,请牛金星到弘文馆,美其名曰“饮到任酒”。
福王时,给事中熊汝霖曾上疏揭发魏藻德、何瑞征等为“从逆献谋之首”,致使其他-“稽首贼庭,乞怜恐后。”
何瑞征于清顺治元年(1644)被授与礼部右侍郎,致仕归乡。约康熙十八年以前去世。康熙四十一年(1702),祀乡贤。